Global Health Initiative telah memberikan dampak positif dan negatif bagi sistem kesehatan negara penerima bantuan, termasuk Indonesia. Di satu sisi, Global Health Initivate membantu meningkatkan kapasitas kesehatan Indonesia. Namun di sisi lain, banyak program mengalihkan fokus sistem kesehatan dari prioritas nasional. Kecenderungan Global Health Initiative menjalankan program secara vertikal memicu diskusi tentang implikasi dari kerja advokasi oleh organisasi masyarakt sipil. Pengaruhnya terhadap koordinasi, perencanaan, dan evaluasi dalam sistem kesehatan negara penerima.
Meskipun Indonesia akan menerima bantuan GHI yang lebih kecil, peran GHI masih signifikan. Hal ini karena anggaran dalam negeri untuk program tersebut masih terbatas, hanya sekitar 40%. Indonesia tetap memerlukan dukungan dari lembaga donor besar seperti Global Fund, Australian AIDS, dan USAID/PEPFAR untuk melanjutkan program HIV.
Dengan berkurangnya pendanaan GHI, organisasi masyarakat sipil perlu mengambil peran lebih besar dalam upaya penanggulangan HIV dan AIDS. Mereka harus bersiap menghadapi persaingan yang semakin ketat untuk mendapatkan dana. Untuk memastikan keberlanjutan program, OMS dan OBM perlu mengembangkan strategi jangka panjang agar tetap berperan meskipun dukungan finansial dari GHI semakin berkurang.
