Hasil beberapa penelitian terdahulu terkait GHI menunjukkan GHI tidak hanya menimbulkan dampak positif tapi juga dampak negatif terhadap sistem kesehatan di negara-negara penerima bantuan. Dampak negatif tersebut antara lain teralihnya fokus koordinasi, perencanaan, pengelolaan, serta monitoring dan evaluasi sistem kesehatan dari prioritas agenda nasional yang sudah ditetapkan. Keberadaan GHI juga mendorong terjadinya diskusi dan perdebatan tentang sejauh mana GHI telah mempengaruhi sistem kesehatan di negara-negara penerima bantuan, khususnya dalam upaya peningkatan kapasitas sistem kesehatan. Salah satu penyebabnya adalah besarnya dana yang disalurkan dan kecenderungan pelaksanaan program secara vertikal oleh GHI.
Walaupun akan berkurang besarnya dana yang disediakan kepada Indonesia, di masa mendatang peran GHI dalam penanggulangan HIV dan AIDS di Indonesia akan tetap besar karena proporsi anggaran dalam negeri untuk program ini masih sekitar 40% sehingga masih memerlukan dukungan dari luar negeri khususnya dari lembaga donor besar yang selama ini bekerja di Indonesia seperti Global Fund, Australian Aid dan USAID/PEPFAR (Najib, et al, 2014). Peran OMS dan OBM dalam penanggulangan AIDS di masa depan pun menjadi penting mengingat dana yang semakin mengecil dari GHI tentu saja akan mengancam keberlanjutan program-program yang selama ini dijalankan dan kompetisi diantara mereka menjadi semakin sengit. Untuk itu diperlukan upaya untuk melihat berbagai kemungkinan ke depan yang bisa dikembangkan untuk mendorong keberlanjutan OMS dan OBM untuk mengantisipasi berkurangnya pendanaan dari GHI.
